宏基因组测序

产品介绍

宏基因组（Metagenome）是指环境样品中所有物种遗传物质的总和，通常指样本中细菌的基因组，但也可以包括其他微生物，如病毒、真菌，甚至藻类、线虫等真核生物。宏基因组学（Metagenomics）是对宏基因组的研究，即对特定环境中的整个生物群落进行研究。宏基因组学无需对单个微生物进行分离培养，直接提取环境样本总DNA进行高通量测序，研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能、代谢网络以及环境中微生物群落内部、微生物与环境间的相互关系等。目前宏基因组已广泛应用于微生物研究的各领域，为微生物群落研究提供一种有效手段。

微次元在宏基因组学领域积累了丰富的研究经验。相关文章发表在ISME、Nature Communication、Phil. Trans. R. Soc. B等期刊。

产品特色

分析流程

送样要求

DNA：总量 ≥ 1 μg，浓度 ≥ 10 ng/μL，1.8 ≤ OD260/280 ≤ 2.0， DNA电泳条带清晰，无降解或者轻度降解，不要反复冻融。

结果展示

文献案例

合作案例-婴幼儿肠道菌群基因组和基因参考目录，共32277个婴幼儿肠道菌群基因组和8千万个基因

A compendium of 32,277 metagenome-assembled genomes and over 80 million genes from the early-life human gut microbiome

期刊： Nature Communications 发表时间：2022年8月单位：四川大学华西第二医院

研究背景

肠道微生物组在生命早期的获取和发展对该微生物群落在生命后期的结构和功能有着持久的影响。尽管越来越多的研究为早期肠道微生物组提供了实质性的见解，但对早期肠道微生物群广泛基因组解析的宏基因组分析仍然很少。为此，我们专门分析了6122个来自前3岁以下儿童的粪便宏基因组，并生成了一组32277个MAG，它们聚集在2172个物种级簇中，以及86678654个代表4036936个基因家族的基因，分别形成了早期肠道基因组(ELGG)和蛋白质(ELGP)条目。

分析方法

测序数据使用KneadData和MegaHit进行质控过滤和组装，MetaWRAP流程进行bining、优化、和结果评估，Prokka进行基因预测，eggNOG-mapper 进行功能预测。使用GTDB-tk进行物种注释，dRep进行物种水平的聚类，CD-Hit进行蛋白家族聚类，Panaroo 进行泛基因组分析。